Madrasah MA NU BANAT KUDUS juga menyediakan fasilitas Perpustakaan sebagai penunjang Kegiatan Belajar Mengajar Peserta Didik, dimana perpustakaan ini menyediakan buku-buku yang sesuai dengan Standard Kurikulum. Di samping buku, juga disediakan koran dan majalah islami sehingga peserta didik dapat menambah wawasan dalam Ilmu Pengetahuan. Lokasi Perpustakaan yang strategis berada ditengah-tengah lokasi kelas MA NU Banat Kudus, memudahkan peserta didik untuk menjangkau lokasi perpustakaan.