MA. NU Banat Kudus sampai dengan tahun pelajaran 2003/2004 sampai sekarang membuka 4 program yaitu Program  Keagamaan, Ilmu Pengetahuan Alam, Ilmu Pengetahuan Sosial dan Program Bahasa. Guna memenuhi tuntutan zaman yang serasi dengan kebutuhan masyarakat, saat ini sedang mengembangkan program keterampilan berbahasa asing Arab/Inggris dan keterampilan home industri sebagai ekstra kurikuler terprogram untuk menyongsong era AFTA dan pengembangan Pondok Pesantren Yanaabi'ul Ulum Warrohmah (Pesantren peserta didik MA berprestasi akademik) sebagai wadah positif mencetak kader-kader muslimah yang ilmiah, beramaliah, bertaqwa dan terampil, siap hidup di masyarakat global.

Sekolah Menengah Aliyah NU Banat kudus menyediakan bangunan ruang kelas dengan daya tampung yang memadai. Sedangkan fasilitas kelas ada 21 ruang kelas, yang terbagi dalam 3 kelas yaitu kelas X, kelas XI, kelas XII. Dan masing-masing kelas terbagi lagi dalam sub bagian kelas, diantaranya untuk kelas X terbagi sampai 7 kelas, kelas XI terbagi 7 sub bagian kelas dengan kelas yang telah dijuruskan, diantaranya kelas IPA ada 3 kelas, kelas IPS ada 2 kelas, dan kelas bahasa 1 kelas, selanjutnya kelas PK 1 kelas.

Kemudian kelas XII, dengan 5 kelas yang dijuruskan, dengan masing-masing pembagian kelas, diantaranya kelas IPA ada 3 kelas, kelas IPS ada 1 kelas, kelas Bahasa ada 2 kelas, dan kelas PK ada 1 kelas. Dan masing-masing kelas di bagi sesuai dengan kebutuhan siswa setiap tahun ajaran baru di Madrasah Aliyah NU Banat Kudus.